张献忠又利用四川巡抚邵捷春和杨嗣昌之间的矛盾，集中兵力，猛攻邵捷春防守的新宁（今四川开江）。

邵捷春根本没有想到农民军如此神速，官军一触即溃。农民军突破新宁防线后，顺利地进入了四川。

农民军的入川，打破了杨嗣昌的围剿计划，并在军事上也从防御转入了进攻。杨嗣昌刚愎自用，满以为官军已把张献忠、罗汝才等部包围在鄂、川、陕三省交界地区，胜利在握了。但实际上是面对军令，从总督到将帅。再到士兵。几乎是无人去执行。

张献忠尽量避免与官军打阵地战，而采取“以走制敌”的策略，一昼夜能行三百余里，快速流动，常常把官军搞得顾此失彼，腹背受敌，疲于奔命。

刘元昭看到了机会，农民军复起，东北关宁军叛乱，他觉得可以给崇祯再浇把火。

于是蛰伏多年，一直是偏师的西部军团在刘元昭的命令下对着陕西发起了进攻。

陕西三边总督郑崇俭正领兵在四川与张献忠作战，陕西空虚，很快就全面陷落了，只剩下潼关在坚守。

郑崇俭，字大章，山西乡宁人。万历四十四年（1616年）进士。授河南府推官，历济南兵备副使。崇祯初，迁陕西右参政，累迁右佥都御史，巡抚宁夏，数败套寇，因功获赐银币，世荫锦衣副千户。

崇祯十二年正月，郑崇俭升任兵部右侍郎，接替洪承畴总督陕西三边军务。五月，张献忠在谷城起义，罗汝才等九营随之俱反，兴安（今陕西安康）告急。

总理熊文灿请求皇上命令郧阳巡抚王鳌永防守江陵、远安，陕西巡抚丁启睿、四川巡抚邵捷春分别在各自区域内严兵防守，郑崇俭主持提兵合击。

这时，固原、临洮、宁夏的三个总兵左光先、曹变蛟、马科已跟随洪承畴入卫京师，只有柴时华中途返回甘肃，郑崇俭调用他而他却不响应。

郑崇俭于是传檄要副将贺人龙、李国奇等从西安出兵。不料，李国奇的队伍到略阳时发生士兵起哄，抢劫了瑞王的田租。

李国奇当时已提升为陕西总兵官，却因此事被免去新职，而郑崇俭也因之被贬官一级。

张献忠起兵后，在房县的罗英（犬字旁英）山大败左良玉的部队，策划进入陕西。

郑崇俭率领贺人龙、李国奇的部队把他遏制在兴安，于是起义军回奔到位于湖广、四川交界地带的兴山、太平。

这时，杨嗣昌已经以督师辅臣的名义领兵南下，到熊文灿的军中取代了他的位置。

在此之前，兵部尚书傅宗龙建议让郑崇俭兼管四川的军队，而杨嗣昌已经发布檄文要求陕西的军队进入四川。

郑崇俭于是在崇祯十三年（1640年）二月率领贺人龙、李国奇入蜀，会同左良玉在玛瑙山（今四川万源境内）大败起义军，斩获首级一千三百三十三个，收降起义军领袖二十五人，得到不计其数的兵器和马骡。

虽然郑崇俭亲自指挥作战而杨嗣昌远在襄阳，但等到评定功绩时，封赏的一半却归了杨嗣昌，郑崇俭只升官一级，不过是恢复以前所降的那一级罢了。

张献忠失败后逃窜到柯家坪，四川将领张令在追击他时被包围。

郑崇俭派兵打跑起义军，贺人龙、李国奇等又一路追击，在寒溪寺、盐井击败起义军，先后斩获一千五百首级。

张献忠的同伙“顺天王”、“一条龙”、“一双龙”全部投降。

郑崇俭的军队五天内打了三次胜仗，威名大震。后他因为年老体衰请求辞官回家，而朝廷却不同意，命令他率领郑家栋回关中，留下贺人龙、李国奇继续镇压起义军。

陕西一出事，官军大震，杨嗣昌更是失魂落魄。

不得已，明军停止追击张献忠，郑崇俭带着贺人龙等人回守潼关。

陕西失守，明廷上下惊恐。